Levottomuuksia syntyi myös muualla maassa - syttyi nuijasota, joka nivoutui osaksi yleistä valtakunnan kuninkuustaistelua. Sen ratkaisutaistelut käytiin onneksi muualla. Talonpoikaiskapinassa kuoli arviolta 3000 henkeä, pääasiassa pohjalaisia talonpoikia.

Vanhan Pyyrinlahti-Kurenlahti -kirkkotien varrella parin kilometrin päässä Konginkankaan Liimattalan kylästä on kauppias Vilho Mäilän ja Liimattalan kyläläisten pystyttämä muistomerkki,
joka palauttaa mieliin kaksi taistelua näillä tienoilla. Kurikkaharjun taistelu Nuijasodan aikana 1596 ja Huosiaismäen taistelu 7.4.1714 Isonvihan aikana. Kuvaaja: Olavi Lahtela
Sata vuotta nuijasodan alkunäytöksen jälkeen Suur-Saarijärven rauhallisen kehityksen katkaisi onnettomuuksien sarja: suuret kuolon vuodet 1695-1697 surmasivat yksin talojen isännistäkin 405 nälkään ja tauteihin. Suuren Pohjan sodan sytyttyä vuonna 1700 suuri osa asekuntoisista miehistä joutui lähtemään taisteluihin kauas rajojen taakse. Sodan tappion seurauksena Suomi ja Saarijärven seutu joutui miehitetyksi (ns. isoviha v. 1713-1721). Sisä-Suomi joutui partioiden sissisodan alueeksi.
Jo talveksi 1713-1714 Saarijärven kirkolle sijoitettiin yli 3000 venäläisen sotilasosasto turvaamaan Pohjanmaalla etenevien joukkojen selusta. 7.4.1714 ruotsalaisten kapteeni Salomon Enberg asettui Huosiaismäelle nykyisen Konginkankaan Liimattalan kylään tien läheisyyteen. Hänen 72 miehen osaston tehtävä lienee ollut häiritä venäläisten yhteyksiä. Partiosta vihiä saaneet venäläiset lähettivät partiota tuhoamaan 500 kasakan osaston. Edullisista asemista huolimatta partio koki kirvelevän tappion ja ainakin 31 miestä kaatui ja itse kapteeni jäi vangiksi. Venäläiset ryhtyivät rangaistukseksi tuhoamaan ja ryöstämään irtainta ja karjaa. Ainakin 16 silloisen Saarijärven taloa joutui hävityksen kohteeksi - suurimmat tuhot koki Tarvaalan pappila Palavasalmen rannalla. Kaikkiaan pitäjän väkiluku aleni näinä sodan ja miehityksen vuosina kolmanneksella ja suuri osa tiloista ränsistyi.
Vuonna 1741 Ruotsi julisti jälleen sodan Venäjälle. Elokuisessa Lappeenrannan taistelussa mukana olleesta Rautalammin komppaniasta kaatui saarijärveläiset luutnantti Thesleff ja neljä ruotusotilasta. Sota johti jälleen koko maan ja myös Saarijärven miehitykseen. Tätä pikkuvihaa kesti kuitenkin vain runsaat puoli vuotta eikä sen vahingot olleet aikaisemman miehityksen luokkaa. Pikkuvihan rasitusta lisäsi katovuodet - pettuleipä olikin yleisesti käytössä ja monet joutuivat jättämään kotinsa ja lähtemään kerjuulle. Saarijärveläisistä joutui myös mm. Pommerin sotaan (1757-1762) kaksi upseeria ja 15 ruotusotilasta. Kustaan sodassa (1788-1790) ruotuarmeija joutui eturintamaan ja ankariin taisteluihin alusta asti. Sodan vaikutukset tuntuivat Saarijärvellä pitäjän halki tapahtuneiden sotakul-jetusten suurina rasituksina.