Musiikkiopiston hallinnosta vastaa Saarijärven kaupungin sivistyslautakunnan alainen musiikkiopiston johtokunta, johtokunnan kokouksissa esittelijänä ja sihteerinä toimii musiikkiopiston rehtori. Johtokunta kokoontuu tarpeen vaatiessa, yleensä neljä kertaa vuodessa. 

Musiikkiopiston johtokunta 2017 – 2021

Jäsenet
Saarijärvi
Pirjo Leppämäki (puheenjohtaja), Arja Viitaniemi ja Petri Tavinen

Kannonkoski
Tarja Sonninen

Karstula
Petri Piispanen, Violetta Chornobil

Kivijärvi
Martti Hertteli

Kyyjärvi
Anna-Maria Koskelo

Varajäsenet kunnittain
Saarijärvi: Mikko Kallio, Kaisa Ilola, Raimo Suuronen

Kannonkoski: Irene Poikonen

Karstula: Riikka Oikari, Eemil Lahdenvesi

Kivijärvi: Heikki Näsi

Kyyjärvi: Tuula Noponen